pymol(三维分子模型软件) v2.2.0官方版
pymol是一款三维分子模型软件,能够用户提供全面的分子可视化系统,具有可定制的颜色,结构标签,可调对象透明度,输出和控制大小,自动缩放等功能,pymol官方版具有清单的功能和直观的操作界面,内置了强大的绘画工具,可以方便设计用户快速完成对分子动画创建,拥有人性化的输出方式,支持多种图像格式,喜欢的朋友就在牛下载软件园下载使用吧!
1、属性编辑器
2、支持触控板手势(捏放大/缩小,z旋转)
3、通过从文件浏览器拖动到PyMOL窗口来打开文件
4、MPEG-4和GIF电影导出面板
5、组合线/非粘合线和棒/ nb_spheres的导线和甘草制图表达别名
6、用于打开MAE文件,MTZ文件,地图和轨迹文件的专用对话框
7、借助此分子可视化系统,可以以3D模式对蛋白质,其密度,轨迹和表面进行细微分析
8、原生视网膜分辨率/ 4k显示支持
9、停靠/取消停靠并重新排列某些面板(生成器,反馈浏览器,音量编辑器)
10、ymolrc脚本编辑器,突出显示语法
11、新的APBS插件面板
12、Excel导出器插件(Windows和Mac)
1、提供了强大实用的绘图工具
2、生成的PyMOL结构可以导出到VRML
3、具有可定制的颜色,结构标签,可调对象透明度,输出和控制大小,自动缩放,文本覆盖和可定制的鼠标控件
4、PyMOL支持多种图像格式,包括PDB、SDF
5、PyMOL可以使用各种图像表示方法显示分子数据
1、在牛下载软件园将安装包下载以后,双击"PyMOL-2.3.2_0-Windows-x86_64.exe"进入到软件安装向导
2、点击next出现协议,选择i agree
3、选择安装选项
4、选择软件安装目录,默认为"C:ProgramDataPyMOL"
5、然后一直next安装就可以了
1、文件的打开有两种方式:一种是将pdb格式的蛋白文件直接拖到桌面快捷方式上;另一种是从菜单栏File/Open打开文件。打开方式与大多数软件相似,打开后的结果如下图。
2、更改模型的显示方式。点击all图层上的H(Hide)标签,隐藏所有的显示方式对应的模型;点击all图层上的S(Show)标签,选择所需的模型显示方式(这里选择cartoon);点击all图层上的C(Color)标签,更改模型着色方式,这里选spectrum,颜色选rainbow。下图是更改显示方式后的效果。
3、鼠标对模型的操作。常用的鼠标操作方式如下表,选择合适的显示视角即可。
表1常用的鼠标操作方式
4、图片的渲染与导出。只需要在命令行输入"ray 900,900",随后按回车键即可进行光影着色。这里的数字900是图片的长和宽的像素数,根据需求自由设置。渲染完成后的效果如下(注意:此时点击渲染好的图片又会返回模型编辑模式)。
5、最后,选择file/Save Image As/PNG...即可导出图片到指定位置。最终导出的模型的效果结果如下。
1、优化细节问题;
2、修复若干bug;
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